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Cristóvão Severim de Faria, posteriormente conhecido como Fr. Cristóvão de Lisboa, nasceu na freguesia de Santa Justa, Lisboa, em 25 de julho de 1583, data coincidente com a festa de São Cristóvão, que lhe inspirou o nome. Era filho do segundo matrimônio de Gaspar Gil Severim, executor-mor do Reino e escrivão da Fazenda Real, com Juliana de Faria, ambos pertencentes à nobreza administrativa da corte portuguesa.
Em 1584, nasceu seu irmão Manuel Severim de Faria, que viria a ocupar, em 1609, o cargo de chantre da Sé de Évora. A função de chantre (cantor-mor) constituía posição de prestígio no cabido, implicando a organização e direção do canto litúrgico durante as celebrações, além de responsabilidades administrativas relacionadas à música sacra e à formação dos cantores. Este mesmo ofício fora anteriormente exercido pelo tio dos irmãos, Baltasar de Faria Severim.
Sob a tutela desse tio, Cristóvão e Manuel ingressaram na Universidade de Évora, onde iniciaram estudos superiores. Em 23 de fevereiro de 1602, Cristóvão entrou como noviço na Ordem dos Frades Menores (OFM), na Província da Conceição, ramo reformado observante conhecido em Portugal como capuchos (não confundir com a Ordem dos Frades Menores Capuchinhos). Em 1609, aparece vinculado ao Convento de São Francisco de Viseu, pertencente à mesma província. Posteriormente, transferiu-se para a Província dos Capuchos de Santo António, completando seus estudos de Artes e Teologia. Foi ordenado presbítero entre 1610 e 1612.
